ALTERNANT - EN DEVELOPPEMENT INFORMATIQUE & MODELISATION METABOLIQUE (H/F)

Faire avancer les choses chaque jour ! Produire autrement des produits de grande consommation (cosmétiques, textiles, aliments pour animaux, plastiques…) sans pétrole, avec une meilleure empreinte environnementale, des performances supérieures et de façon plus compétitive.
Chez METabolic EXplorer (METEX), on a la volonté d’être utile en contribuant concrètement au monde de demain.

Pour assurer les principaux processus d'un laboratoire de recherche nous utilisons un système de gestion de l'information. Il permet le pilotage et suivi des stocks et des échantillons, la gestion du plan d’expérience, l’historisation des constructions et expériences pour centraliser, partager et comparer les données d'expériences (génétique/Métabolomique/enzymatique/Fermentation).

Pour répondre aux enjeux de R&D (traçabilité, qualité des données, exploitation des données permettant un travail collaboratif inter-service, outils d’aide à la décision, efficience) des améliorations continues dépendantes des besoins utilisateurs sont nécessaires. Le premier volet de l’alternance sera de réaliser des missions d’évolution et de maintenance de logiciels autour de bases de données relationnelles en interaction forte avec les utilisateurs et sous la responsabilité du responsable informatique.

Le second volet de l’alternance, en collaboration étroite avec l’ingénieur génétique et métabolique et l’ingénieur Data scientist, consiste à concevoir et exploiter des modèles métaboliques à l'échelle du génome (GEM) pour prédire plus efficacement les flux de métabolites.

L'analyse des flux métaboliques est un élément fondamental pour comprendre les métabolismes spécialisés mais aussi pour proposer des approches d'ingénierie efficaces. La modélisation est utilisée comme outil pour prédire le comportement d’un réseau métabolique lorsqu’il est modifié de certaines manières. Elle se repose sur des modèles et des outils de simulation et de prédiction. Cette approche permet de programmer de nouveaux comportements cellulaires et de simuler des constructions génétiques synthétiques sans avoir à effectuer un grand nombre d'expériences par essais et erreurs pour améliorer la productivité et le rendement.

Dans ce cadre, vous assurerez les missions suivantes :

- Développement et gestion de projet

- Reconstruction de modèle (automatique et manuelle pour pallier les lacunes existantes dans les GEMs) et validation.

- Modélisation des flux internes de la cellule : Inventorier et tester les méthodes couplant Flux Balance Analysis (FBA) et computational based modeling (CBM) déjà disponibles.

-  Simuler/Prédire le phénotype et optimiser les règles de conception

-  Intégration de données OMICS

- Participation à l’amélioration du modèle par l’utilisation de données expérimentales, connaissances a priori et validation conjointe par des experts.

- De formation scientifique (au minimum d’un bac +3) en Biotechnologies et Bio-informatique

- Traiter l'information (collecter, classer et prioriser)

- Concevoir des modèles théoriques (calcul, simulation, modélisation)

- Utiliser avec discernement les outils de la science des données, des biostatistiques, de l'intelligence artificielle, de la bioinformatique, de la modélisation mathématique et de la simulation de systèmes biologiques, pour exploiter tout le potentiel prédictif des données expérimentales et automatiser leur traitement lorsqu'elles sont massives.

- Facilités de communication et de vulgarisation de l’informatique

- Organisation et rigueur

- Capacité à travailler en équipe tout en faisant preuve d’autonomie tant sur la partie technique que sur les échanges avec les différentes parties prenantes

- Curiosité intellectuelle : idéalement, avoir des connaissances ou un intérêt pour la recherche industrielle en Biologie/Chimie et en particulier pour la Biochimie et la Fermentation.

- Faire preuve de créativité

- Connaître les langages : Java, Javascript, C# , VBA , ActiveX, HTML, Python Outils : Eclipse, Talend Open Studio, EXCEL, joomla

- SGDB : SQL, ADODB, ODBC

Vous êtes animé(e) par le challenge, la performance et l’innovation et souhaitez participer au développement d’une chimie nouvelle et durable, alors adressez-nous votre candidature (CV et lettre de motivation).