Post-doctorant : Surveillance environnementale de Leptospira en milieu urbain H/F

🧐 Qui sommes-nous ?

VetAgro Sup est un établissement d’enseignement supérieur et de recherche sous tutelle du ministère de l’Agriculture.

Nous sommes la seule structure française à former à la fois des vétérinaires, des ingénieurs agronomes et des inspecteurs de santé publique vétérinaire dans une approche globale des questions de santé. Formation mais aussi recherche et expertise, l’activité de nos deux campus (Lyon | Clermont-Ferrand) se situe au cœur des enjeux du vivant. www.vetagro-sup.fr.

Notre établissement s’engage pour le Développement Durable à travers son Schéma Directeur DD&RSE et la signature de l’Accord de Grenoble. Nos campus sont labellisés OEPV.

Basé sur notre campus de Marcy l’Etoile, vous travaillerez aux côtés d’environ 450 collègues et 900 élèves dans un cadre privilégié aux portes de Lyon et à proximité immédiate du Parc de Lacroix Laval.

Riche de vie, d'histoire et d'activités, notre campus met à votre disposition un parking gratuit (accès aux personnes à mobilité réduite), un service de restauration collective de qualité mais aussi des activités sportives et culturelles.

📝 Vos missions & activités (liste non exhaustive)

L’unité de recherche USC1233-RS2GP est une unité de recherche propre de VetAgro Sup, sous contrat avec l’INRAe. Le projet de l’unité vise la gestion intégrée et personnalisée des rongeurs sauvages à caractère invasif. Son projet s’organise selon 3 axes : un axe dédié à l’évaluation et au développement de solutions de gestion des rongeurs, un autre dédié à l’étude de la dynamique des leptospires et enfin un dernier dédié à l’évaluation et à l’atténuation des risques liés aux rongeurs et à leurs gestions. Vous serez affecté au projet PREZODE-RATSWIM.

•  Développer une approche innovante de surveillance de la leptospirose en milieu urbain, en croisant analyses des eaux usées, écologie des rongeurs et modèles expérimentaux.

• Réaliser des activités de terrain : capture de rongeurs et collecte de prélèvements biologiques pour l’étude des populations urbaines.

• Concevoir, optimiser et appliquer des outils de détection moléculaire de Leptospira spp. dans les eaux usées, afin de mesurer la contamination et analyser sa variabilité spatiale et temporelle.

• Analyser les liens entre infection des rongeurs et contamination environnementale, pour évaluer la pertinence des eaux usées comme outil de surveillance indirecte et identifier les zones à risque.

• Étudier la survie, la persistance et le potentiel infectieux de Leptospira dans les eaux usées, ainsi que l’influence des facteurs environnementaux sur sa transmission.

• Mettre en œuvre des modèles cellulaires innovants (cultures 2D/3D, organoïdes) pour évaluer l’infectivité des souches environnementales et animales, dans une approche intégrée One Health.

🕵️ Vos atouts

• Formation souhaitée : Doctorat (PhD) en microbiologie, biologie cellulaire/moléculaire, écologie microbienne, ou disciplines connexes.

• Solide formation en bactériologie

• Expérience ou intérêt pour le travail de terrain en lien avec la capture de rongeurs et les prélèvements biologiques.

• Maîtrise des techniques de biologie moléculaire (PCR, qPCR, PCR digitale, extraction d’acides nucléiques à partir de matrices complexes).

• Compétences en analyse génomique : analyse de génomes, assemblage et reconstruction de génomes (NGS, métagénomique appréciée).

• Expérience dans l’analyse d’échantillons environnementaux (idéalement eaux usées).

• Compétences en culture cellulaire 2D ; intérêt ou expérience en modèles 3D/organoïdes.

• Capacité à évaluer la viabilité et l’infectivité bactérienne.

• Aptitude à concevoir et conduire des protocoles expérimentaux de façon autonome.

• Compétences en analyse de données et statistiques de base.

• Bonnes capacités de communication scientifique en anglais (écrit et oral).

• Goût pour le travail interdisciplinaire et collaboratif.

• Rigueur, autonomie et sens de l’organisation.

😃 Nous vous offrons :

• CDD de 2 ans — Catégorie A (cadre) - Temps plein (38H)

• Prise de poste : 01/06/2026

• 50 jours de congés annuels (sur la base d'un temps plein 38H / année complète travaillée)

• Travail en semaine avec flexibilité horaire

• Télétravail possible en fonction des nécessités de service et après une période d’adaptation

• Restauration subventionnée et sur site

• Accès aux personnes à mobilité réduite / RQTH

• Prime mobilité durable

• Activités sportives et culturelles

• Prestations sociales

🤝Rémunération : selon profil et expérience

✍️ Pour candidater : CV et LM à envoyer avant le 30/04/2026

Pour garantir l’équité du processus, nous ne répondons pas aux demandes de suivi de candidature par téléphone. Merci de votre compréhension.