STAGE de fin d'études – Suivi temporel de colonies coralliennes à partir de modèles 3D - logiciel Cloud Compare(F/H/NG)

L'Environnement marin, l'Aménagement du littoral et l'Océanographie sont au cœur des activités de Créocéan depuis plus de 70 ans. 

Nous inscrivons nos actions de diagnostics, d'expertises et de recommandations en permettant les évolutions de projet dans le sens du développement économique des territoires maritimes tout en respectant les enjeux environnementaux. 

Avec les autres sociétés du groupe KERAN, nous avons l'ambition de contribuer à la décarbonation des villes et des territoires, à l'amélioration de la biodiversité et à la protection des ressources naturelles. Nous nous engageons pour un développement harmonieux des territoires en contribuant à la création d'emploi, en participant activement aux réseaux d'acteurs engagés et en accompagnant des causes sociales et environnementales

Pourquoi rejoindre CREOCEAN ?

Intégrer Créocéan, et le groupe Keran, c'est intégrer une société qui partage avec les salarié·e·s la vision du projet d'entreprise, le capital et les résultats, avec une volonté d'indépendance, en développant les conditions de sens et de bien-être au travail, et en accordant une forte place à l'humain.

Vous aurez aussi accès à de nombreux avantages sociaux : des tickets restaurants, une meilleure prise en charge de la mutuelle, des jours de RTT ; une indemnité vélo, ...

Rejoignez-nous, embarquez dans l'aventure CREOCEAN !

La photogrammétrie sous-marine est un outil utilisé par Créocéan pour l’étude et le suivi de l’environnement marin depuis 2020 (e.g. structure et richesse des habitats marins). Il existe aujourd'hui un besoin d'étendre son utilisation de l'outil au suivi temporel d'objets isolés (récifs artificiels, coraux, etc.). Dans le cadre de travaux de dragage et déroctage du port de Port-Louis, en Guadeloupe, 16 colonies coralliennes situées dans la zone d’emprise des travaux ont été déplacées. Les suivis scientifiques post-transplantation impliquent le suivi par photogrammétrie de 14 de ces colonies, ainsi que celui de 11 colonies témoin natives. Pour Créocéan, cette étude est une opportunité d'approfondir les compétences en analyse de données à partir de modèles 3D et de développer des protocoles d’analyse précis et reproductibles.

Dans le cadre de ce suivi temporel, le calcul de différentes métriques pourra permettre de rendre compte de l’évolution de l’état de santé des coraux :

-          La croissance des colonies

-          La surface de tissu vivant

-          Le taux de nécrose

-          La surface de tissu blanchi (optionnel)

-          La propagation de maladies ou perturbations (optionnel)

-          La compétition avec d’autres organismes (optionnel)

Le travail à mener dans le cadre de ce stage vise principalement l’étude de la croissance grâce à la comparaison des modèles 3D de colonies coraliennes (nuage de point) via le logiciel Cloud Compare. Le protocole de traitement informatique se basera sur le travail de Lange et Perry (2020)[1].

Poste et Missions : 

Vous serez intégré(e) au sein de l’équipe de Montpellier durant la durée du stage. Vous aurez pour mission :

• La prise en main des traitements informatiques de comparaison de modèles 3D sur Cloud Compare. Le traitement impliquant un alignement manuel des modèles à T0 et T0+X d’une colonie, les résultats sont sujet à une marge d’erreur qu’il faut maîtriser. Vous serez invité à tester les limites de cette méthode de mesure (calcul de coefficients de variation) afin d’évaluer si la précision des résultats répond aux besoins de l’étude.

• Le calcul et la comparaison des autres métriques d’intérêt (listées plus haut) grâce à des outils informatiques de calcul d’aire et de volume (logiciel QGIS, Agisoft Viewer).

• La rédaction de protocoles technique sur les traitements et les analyses effectuées

• En fonction des besoins de l’étude, le/la stagiaire pourra également être formé(e) au traitement informatique de la photogrammétrie (reconstruction 3D des modèles des colonies coralliennes) sur le logiciel Metashape Pro.
  

[1] Lange ID, Perry CT (2020) A Quick, Easy and Non-Invasive Method to Quantify Coral Growth Rates Using Photogrammetry and 3D Model Comparisons. Methods in Ecology and Evolution 11:714–726.

Calendrier prévisionnel : 

 Ce suivi s’étale sur une période d’un an (août 2023 à août 2024), avec des comparaisons entre les colonies à T0 (août 2024), T0+1 mois (septembre 2024), T0+6 mois (février 2025) et T0+12 mois (août 2025). Deux options sont possibles concernant la période de stage :

Option A : Stage de 4 mois de Janvier à Avril 2025 : suivi des colonies sur 6 mois

-          Comparaison des colonies entre T0 et T0+1 mois sans mesure de la croissance corallienne

-          Comparaison des colonies entre T0 / T0+1 mois et T0+6 mois avec mesure de la croissance corallienne et des autres métriques jugées pertinentes

Option B : Stage de 4 mois de Septembre à Décembre 2025: suivi des colonies sur 1 an

-          Comparaison des colonies entre T0 et T0+6 mois avec mesure de la croissance corallienne et des autres métriques jugées pertinentes

-          Comparaison des colonies entre T0+6 mois et T0+12 mois avec mesure de la croissance corallienne et des autres métriques jugées pertinentes

-          Optionnel : la comparaison des colonies entre T0 et T0+1 mois sans mesure de la croissance corallienne

Les options A et B implique également :

-          Rédaction d’un protocole standardisé de la méthode employée pour le suivi des différentes métriques reflétant l’évolution de l’état général des coraux

-          Rédaction du rapport de stage

L’étudiant(e) est invité à préciser l’option qui lui convient selon ses disponibilités. Les étudiants dont le calendrier scolaire permet un choix entre les deux options devront le préciser dans leur candidature (l’option B permettant un travail plus complet).

Profil :

Étudiant.e en Master 1 (biologie marine, informatique) ou étudiant.e d’un cursus technique, vous êtes en fin de cursus et vous recherchez un stage de 4 mois pour l’année 2025.

Vous avez une appétence pour le traitement informatique et bonnes capacités rédactionnelles. Vous montrez des compétences ou un intérêt dans les domaines de l’écologie des écosystèmes coralliens et de la photogrammétrie sous-marine. La maîtrise du logiciel Cloud Compare est un plus à votre candidature.

Doté.e d’une force d’initiative, la curiosité et la motivation sont vos atouts pour mener à bien les missions confiées et prendre des responsabilités. Vos capacités relationnelles (travail avec de nombreux chefs de projets / experts) et votre esprit d’équipe sont indispensables à votre environnement de travail.